一是科学与宗教都有的"预设与极限问题"，近代科学兴起于犹太一基督教的西方，使很多人认为创世的教义有助于给科学的活动铺设舞台，希腊思想和圣经思想两者都声称世界是有序的、可理解的 。现代科学又提出了一些极限问题在科学自身内部没有得到回答 。一些神学家则认为宗教的问题起源于人类经验的视野尽头或极限处境 。二是科学与宗教的"方法论与概念的相似"，科学理论的构造常采用类比和模型的方法，在宗教语言中，隐喻和模型也起显著的作用 。
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